​수인선은 주변 경작 농민이나 어민, 통학생 등의 제한적인 여객 수송 기능을 담당하며 겨우 그 명맥을 이어가게 되었다. 이에 따라 운행 편수도 1961년까지 수원~인천 간을 5회 왕복하던 것이 1962년부터는 4회로 축소되고, 1990년대 들어 다시 3회로 축소되었다. 아울러 운행 차량수도 주중 2량, 주말 3량으로 축소되었다.

그러나 1994년 9월 1일 철도청에서는 그나마 어렵게 운용되던 수인선을 송도~한양대앞 간 26.9㎞를 폐지하고, 이듬해인 1995년 12월 31일을 마지막으로 한양대앞~수원 간 20.2㎞의 운행을 중단하였다. 1930년 이래 경동철도사가 부설한 경동선 전 노선이 65년여 만에 운행을 마치게 된 것이다.